Si tenéis un servidor dedicado y queréis optimizar vuestro servidor MySQL (configurando el archivo my.cnf) os dejo este script que adecua los valores de configuración a los de vuestro servidor:
https://javier.rodriguezaparicio.es/blog/descargas/tuning-mysql.sh
Simplemente tenéis que subirlo a vuestro servidor y ejecutar:
sh tuning-mysql.sh
El script os dirá los valores óptimos para vuestro servidor.
Siempre va a depender del uso que se haga al servicio MySQL y de la configuración del servidor.
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